La Junta Directiva de FEKOOR procedió a ratificar por unanimidad a las personas propuestas por las asociaciones para renovar los cargos de la entidad, tal y como se acordó en la última Asamblea General Ordinaria celebrada a finales de julio. La Asamblea es el máximo órgano de decisión de la Federación. Su presidencia se ostenta con carácter anual y de manera rotatoria entre las 19 asociaciones miembro, correspondiendo el cargo a la vicepresidencia del año anterior. 
Roberto Pérez Ahedo, de la Asociación Vizcaína de Hemofilia (AHEVA), ostentará en 2014 la presidencia de la Federación, representado a la Federación en los ámbitos asociativos de su competencia. Al cargo de Presidencia de la Junta Directiva y de la Asamblea, le corresponde proponer el plan de gestión anual de la Federación, o firmar convenios y acuerdos con instituciones públicas o privadas para el desarrollo de nuestro proyecto asociativo y de los servicios de apoyo que ofrecemos a las personas con discapacidad física y orgánica asociadas.
La Vicepresidencia de la entidad le corresponde a Marcelino Fernández García, en representación de BENE, la Asociación de Enfermedades Neuromusculares de Bizkaia.
José Ignacio Ansoleaga de la Asociación de Ostomizados de Bizkaia, (ARGIA), se encargará del cargo de secretaría, Iñaki Ramos Aizpurua, de la Asociación de Personas con Discapacidad con Discapacidad de Ermua (BIDARI), ocupará el cargo de tesorería y Ana Isabel Dorado,de la Asociación de Lesionados Medulares de Bizkaia (Bizkel), asumirá la vicesecretaría.
Todos los cargos directivos han sido ratificados por la Junta Directiva, que es quien designa a las personas propuestas por las asociaciones para ejercer esa responsabilidad.